Leaflet è una delle migliori librerie JavaScript open source per fare mappe interattive.
Il pacchetto leaflet consente la sua integrazione in R.
Cliccando qui trovate uno dei miei assignments del corso Developing Data Products della JHU su Coursera, che prevedeva l'utilizzo di leaflet (i dati di partenza per riprodurlo potete scaricarli dal mio github: Final_MB.csv).

# libreria
library(leaflet)

# mappa vuota
leaflet() %>% addTiles()

# aggiunta posizione
my_map %>% 
  addMarkers(lat=45.628255, 
                      lng=9.1464259, 
                      popup="Cesano Maderno")

# aggiunte più posizioni
df <- data.frame(lat = runif(20, min = 45.5, max = 45.7),
                 lng = runif(20, min = 9.0, max = 9.2))
df %>%  
  leaflet() %>% 
  addTiles() %>%
  addMarkers()

# cerchi al posto di marcatori
df %>% 
  leaflet() %>%
  addTiles() %>%
  addCircleMarkers()

# cerchi di diverse dimensioni in base a popolazioni
paesi <- data.frame(name = c("Monza", "Muggiò", "Villasanta", "Vimercate"),
         pop = c(122723, 23527, 13894, 25977),
         lat = c(45.5840057, 45.5929507, 45.6055555, 45.614008),
         lng = c(9.2730143, 9.2265162, 9.3033668, 9.3712627))
paesi %>%
  leaflet() %>%
  addTiles() %>%
  addCircles(weight = 1, radius = sqrt(paesi$pop) * 50)

# raggruppa marcatori se vicini
df %>% 
  leaflet() %>%
  addTiles() %>%
  addMarkers(clusterOptions = markerClusterOptions())

# uso un'icona come marcatore
hopkinsIcon <- makeIcon(
  iconUrl = "http://brand.jhu.edu/content/uploads/2014/06/university.shield.small_.blue_.png",
  iconWidth = 31*215/230, iconHeight = 31,
  iconAnchorX = 31*215/230/2, iconAnchorY = 16
)
hopkinsLatLong <- data.frame(
  lat = c(39.2973166, 39.3288851, 39.2906617),
  lng = c(-76.5929798, -76.6206598, -76.5469683))
hopkinsLatLong %>% 
  leaflet() %>%
  addTiles() %>%
  addMarkers(icon = hopkinsIcon)

# loghi interattivi con link a siti
hopkinsSites <- c(
  "<a href='http://www.jhsph.edu/'>East Baltimore Campus</a>",
  "<a href='https://apply.jhu.edu/visit/homewood/'>Homewood Campus</a>",
  "<a href='http://www.hopkinsmedicine.org/johns_hopkins_bayview/'>Bayview Medical Center</a>",
  "<a href='http://www.peabody.jhu.edu/'>Peabody Institute</a>",
  "<a href='http://carey.jhu.edu/'>Carey Business School</a>"
)
hopkinsLatLong %>% 
  leaflet() %>%
  addTiles() %>%
  addMarkers(icon = hopkinsIcon, popup = hopkinsSites)

# disegno un rettangolo
leaflet() %>%
  addTiles() %>%
  addRectangles(lat1 = 45.5, lng1 = 9.0, 
                lat2 = 45.7 , lng2 = 9.2)

# legenda
df <- data.frame(lat = runif(20, min = 45.5, max = 45.7),
                 lng = runif(20, min = 9.0, max = 9.2)),
                 col = sample(c("red", "blue", "green"), 20, replace = TRUE),
                 stringsAsFactors = FALSE)
df %>%
  leaflet() %>%
  addTiles() %>%
  addCircleMarkers(color = df$col) %>%
  addLegend(labels = LETTERS[1:3], colors = c("blue", "red", "green"))